O Nosso Instituto possui um caráter específico de catolicidade, pertencendo à igreja de Timor-Leste. Olhando um pouco para trás, o ISFIT não apareceu de repente, mas veio à luz pela criação do Seminário Maior do São Pedro e São Paulo, Fatumeta, no ano de dois mil pelos bispos: Dom Carlos Filipe Ximenes Belo, SDB e Dom Basílio do Nascimento para preparar os seminaristas maiores como candidatos para o sacerdócio, visto que, antigamente, os nossos candidatos ao sacerdócio tinham que cursar a Filosofia e Teologia no estrangeiro, como Macau, Portugal e Indonésia.
Com a criação do Seminário Maior em Timor-Leste, fundaram-se cursos de Filosofia e de Teologia para a formação acadêmica e inteletual dos candidatos ao sacerdócio. Antes de aparecerem no mundo as outras ciências actuais, surgiram primeiramente a Filosofia e a Teologia e, por isso, os Escolásticos chamavam-nas: “mães das ciências”.
Esta tradição secular continua sendo adoptada pela igreja universal até hoje em dia. Teologia é a ciência própria para ser estudada por um candidato ao sacerdócio, mas a Teologia que estuda sobre a fé precisa da luz da inteligência que é a razão proveniente da Filosofia, que os escolásticos chamavam “fides quaerens intelletum” ou “intelletus quaerens fidem”, ou seja, a fé precisa de ser esclarecida pela razão e a razão precisa de ser esclarecida pela fé.
Por conseguinte, Fé e Razão, devem andar de mão juntas, na formação integral do Homem e, mormente, do candidato ao sacerdócio.
Entretanto, no ano de dois mil e treze, os três bispos de Díli, Baucau e Maliana que constituem a Conferência Episcopal Timorense (CET), decidiram criar um instituto aberto, não só, aos candidatos ao sacérdócio, mas também, ao público com objectivo de elevar a capacidade reflexiva e crítica da sociedade timorense, formando pensadores de calibre filosófico e teológico para poderem enfrentar e resolverem questões éticas, religiosas, políticas, culturais, morais, pastorais pertenentes às sociedades do mundo de hoje.